주름 편 섬개연…부가세 16억 돌려받을 듯

한국섬유개발연구원(이하 섬개연)이 지난 2011년 추징당한 16억원의 세금을 돌려받을 가능성이 커졌다. 행정소송에서 법원이 섬개연의 편을 들면서 추징세를 돌려받아 적립금을 다시 채워넣을 수 있게 됐다.

이달 1일 대구지방법원은 서대구세무서가 섬개연에 부여한 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다는 판결을 내렸다. 섬개연은 지난 2011년 대구지방국세청으로부터 세무조사를 받아 세금을 추징당했다. 비영리법인인 섬개연이 매입 부가세 등 공제를 받을 수 없는 매출에 대해서도 부가세 환급을 받아왔다는 것이 이유였다. 또 세무서는 연구기관의 R&D 사업은 생산활동이 아니며 재투자 개념이 없다는 논리를 펴면서 부가세 환급 대상이 아니라고 주장했다.

섬개연은 이에 불복해 2012년 4월 조세심판원에 심사청구를 했다. 이 기간 동안 가산세를 피하고자 약 15억원의 적립금과 일부 예산을 사용해 추징세를 미리 지불했지다. 하지만 지난해 6월 조세심판원에서 패소결정이 났고 곧바로 섬개연은 행정소송을 진행했다.

법원은 이번 판결에서 ▷섬개연이 부당한 의도를 갖고 세법을 자의적으로 해석해 매입세액 공제를 받은 것이 아닌 점 ▷서대구세무서가 그동안 섬개연의 매입세액신고에 대해 별다른 이의를 제기하지 않고 10년 이상 부가가치세를 환급해온 점 ▷2003년경 대구지방국세청의 정기종합감사에서도 별다른 문제점이 지적되지 않았던 점 ▷과세관청은 이 사건과 관련된 세법해석에 대해 확실한 견해를 가지지 못했고 관련 행정소송에서 수차례 패소한 점 등을 이유로 섬개연의 손을 들어줬다.

이로 인해 1년간 끌어온 재판에서 섬개연은 2007년부터 2012년도까지의 부가가치세 부과분을 모두 돌려받게 됐다. 16억4천만원의 추징세에 더해 법원 이자를 포함해 약 19억원을 받을 것으로 보인다. 연구원 적립금도 다시 늘어나게 된다.

섬개연 관계자는 "아직 1심이어서 서대구세무서 쪽에서 항소를 진행할 것 같다"며 "하지만 모든 부분에 대해서 승소한 만큼 대법원까지 가더라도 추징액을 반드시 돌려받아낼 것"이라고 말했다.

게다가 이번 섬개연의 판결에 따라 2011년 당시 함께 부가세추징을 당한 대구경북섬유산업연합회 역시 행정소송을 진행할 것으로 보인다. 그만큼 이번 판결이 가지는 의미가 크다.

한 관계자는 "만약 대법원까지 재판이 넘어가 섬개연이 승리하면 판례가 남게 돼 세무서 입장에서는 큰 부담이 될 것"이라며 "그런 상황을 고려해 대구경북섬유산업연합회에서도 행정소송을 진행하려는 것 아니겠느냐"고 말했다.

노경석 기자 nks@msnet.co.kr